Begründet wurde die Arbeit der Stiftung Eben-Ezer durch den aus Wüsten/Lippe stammenden Lehrer Simon August Topehlen (1832-1904). Seine entscheidende Prägung erfuhr er durch die Erweckungsbewegung seiner Zeit. Als um die Mitte des 19. Jahrhunderts die Not behinderter und dadurch auffälliger Kinder zunehmend in das Blickfeld von Kirchen und Behörden geriet, erhielt er den Auftrag, sich neben seiner Tätigkeit an der Schule von St. Marien in Lemgo im Rahmen eines Schulversuchs um die Bildung und Erziehung eines "blödsinnigen"- nach heutigen Begriffen geistigbehinderten - Mädchens (Henriette Ludolph, 1854-1876) zu bemühen. Er stellte sich mit Hilfe seiner Schwester Lina Topehlen seit 1862 im Nebenberuf dieser Aufgabe.

Als die Ergebnisse den Erwartungen der Behörden nicht entsprachen - das Mädchen lernte weder Rechnen, Lesen noch Schreiben - wurde Topehlen von seinen Verpflichtungen entbunden; die finanziellen Zuwendungen entfielen. Topehlens zu diesem Zeitpunkt bewusst und aus christlicher Verantwortung und Liebe gefällte Entscheidung zur Fortführung der Arbeit begründete die weitere Entwicklung von Eben-Ezer. Zunächst leitete Lina Topehlen die schnell wachsende "Anstalt", bis Simon-August Topehlen dann 1887 im Hauptamt die Leitung übernahm. Die Schule für Geistigbehinderte der Stiftung Eben-Ezer trägt seinen Namen.